По своему виду биоочистка делится на аэробную и анаэробную. Как мы отмечали выше, данное отличие строится на участвующих в переработке фекальных масс бактерий — аэробных, которые потребляют кислород, и анаэробных, которые развиваются в бескислородной среде.
При выборе очистных сооружений следует учитывать, что микроорганизмы, потребляющие кислород, лучше окисляют и разлагают органические соединения. Следовательно, биосептики, использующие аэробные бактерии, более эффективны, чем обычные многокамерные септики с анаэробными одноклеточными организмами.
В биосептике «КАРЕ» применяются аэробные бактерии.